O BackupPC é um sistema que faz uma checagem dos arquivos que foram modificados, marca estes arquivos, e vê apenas as partes dos arquivos que foram alterados, gerando um diff e atualizando o arquivo. Com o diff, é possível regredir o backup. Na pior hipótese, caso seja perdido estes arquivos com o diff, você ainda terá o último backup completo.”

Ele ainda possui um front-end escrito em Perl, que roda via browser e faz todo o gerenciamento do backup diferencial e ainda por cima com o histórico!
Fonte: BR-Linux

Preciso de uma dica:
Com tudo funcionando perfeitamente, tenho um repositório de backup no servidor. Por segurança, faço um backup DE TUDO para um HD externo (via USB), entretanto, de 7 em 7 dias é feito um backup completo que eu gostaria de gravar em DVDs. Pergunto: quais os arquivos devo gravar uma vez que eles estão “espalhados” por vários diretórios?