Rafael Sussel escreveu um post em seu blog detalhando como você deve proceder para preparar seu ambiente de desenvolvimento GIS utilizando ferramentas livres com o ASP.NET (C#).
Além das instalações já habituais, como a do PostgreSQL e o PostGIS, ele também comenta como compilar o MapScript para o .NET , e explica a divisão em camadas adotada por ele. Um bom artigo que vale a pena a leitura, principalmente porque o material disponível na internet de GIS para .NET é bem escasso.
Fonte: Rafael Sussel
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