{"id":7652,"date":"2018-11-08T07:30:58","date_gmt":"2018-11-08T10:30:58","guid":{"rendered":"http:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/?p=7652"},"modified":"2018-11-07T12:45:37","modified_gmt":"2018-11-07T15:45:37","slug":"postgis-utilizado-na-neurociencia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/2018\/11\/08\/postgis-utilizado-na-neurociencia\/","title":{"rendered":"PostGIS na Neuroci\u00eancia"},"content":{"rendered":"<p><a href=\"https:\/\/twitter.com\/tomkazimiers\/\" rel=\"noopener\" target=\"_blank\">Tom Kazimiers<\/a> trabalha como engenheiro de software no <a href=\"https:\/\/www.hhmi.org\/\" rel=\"noopener\" target=\"_blank\">Howard Hughes Medical Institute<\/a>, em um software colaborativo de reconstru\u00e7\u00e3o e an\u00e1lise de neur\u00f4nios chamado <a href=\"https:\/\/github.com\/catmaid\/CATMAID\" rel=\"noopener\" target=\"_blank\">CATMAID<\/a>, que \u00e9 usado para pesquisa em neuroci\u00eancia. <\/p>\n<p>O PostGIS \u00e9 utilizado nesse projeto para representar os neur\u00f4nios em um espa\u00e7o 3D. Eles consistem em pontos 3D que fazem refer\u00eancia a seus n\u00f3s pai ou a raiz, quando eles n\u00e3o t\u00eam pai. Juntamente com sinapses, nuvens de pontos e malhas para modelar compartimentos em um conjunto de dados, eles modelam os aspectos espaciais do mundo da neuroci\u00eancia. Os usu\u00e1rios criam essas reconstru\u00e7\u00f5es neuronais manualmente de forma colaborativa, e os programas de segmenta\u00e7\u00e3o podem ser usados \u200b\u200bcomo fonte de dados adicional. <\/p>\n<p><center><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" src=\"http:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/wp-content\/uploads\/2018\/11\/catmaid.jpg\" alt=\"\" width=\"800\" height=\"390\" class=\"aligncenter size-full wp-image-7656\" srcset=\"https:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/wp-content\/uploads\/2018\/11\/catmaid.jpg 800w, https:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/wp-content\/uploads\/2018\/11\/catmaid-300x146.jpg 300w, https:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/wp-content\/uploads\/2018\/11\/catmaid-768x374.jpg 768w, https:\/\/www.fernandoquadro.com.br\/html\/wp-content\/uploads\/2018\/11\/catmaid-600x293.jpg 600w\" sizes=\"auto, (max-width: 800px) 100vw, 800px\" \/><\/center><\/p>\n<p>Usando seus \u00edndices espaciais, o PostGIS ajuda a consultar rapidamente os neur\u00f4nios em um determinado campo de vis\u00e3o. O espa\u00e7o de um \u00fanico projeto cont\u00e9m, por vezes, centenas de milh\u00f5es de pontos individuais interconectados. Tamb\u00e9m \u00e9 poss\u00edvel fazer consultas de interse\u00e7\u00e3o (BBOX) entre os neur\u00f4nios e as malhas dos compartimentos, que depois se refinam no front-end fazendo testes de interse\u00e7\u00e3o mais precisos.<\/p>\n<p>Este software \u00e9 usado por alguns laborat\u00f3rios de pesquisa e, todos eles fazem sua pr\u00f3pria hospedagem com um servidor dedicado. A raz\u00e3o principal para isso \u00e9 que com conjuntos de dados maiores, eles se beneficiam de m\u00e1quinas com muita RAM (> 256G), unidades SSD e muitas CPUs, al\u00e9m de acesso r\u00e1pido a dados locais para, por exemplo, dados de imagem.<\/p>\n<p>Muito interessante saber que o PostGIS funciona t\u00e3o bem em contextos n\u00e3o-GIS tamb\u00e9m.<\/p>\n<p>Fonte: <a href=\"http:\/\/postgis.net\/2018\/11\/03\/howard_hughes\/\" rel=\"noopener\" target=\"_blank\">PostGIS Blog<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Tom Kazimiers trabalha como engenheiro de software no Howard Hughes Medical Institute, em um software colaborativo de reconstru\u00e7\u00e3o e an\u00e1lise de neur\u00f4nios chamado CATMAID, que \u00e9 usado para pesquisa em neuroci\u00eancia. 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